GenoCon2 課題A スペシャルプログラミングチャレンジの募集中です(応募締切: 11月21日)

課題Aのスペシャルプログラミングチャレンジでは、遺伝子に関連する興味深い、有用な発現パターンの新たな組合わせを見つけ出すアプリケーションを募集します。



サンプルの遺伝子のデータセットは、同一の発生条件、日周振動の同じ時刻、植物の同じ部位において発現する、全ての遺伝子を含みます。 私達の方では、遺伝子発現の性質(例. 若い植物の葉の組織で高い発現量を示す)を見つけて、機能DNA配列を探し出して、人工プロモータデザインへ付け加える、JavaScript関数やCADワークフローの基本的なセットを提供します。


私達は、応募されたプラグイン関数を、新規性、使い易さ、実装方法に基づいて評価します。ソーシャルネットワークを利用する事で、参加者同士で関数のプログラミングについて議論し、生物学実験の経験の豊富なDNA設計者が使用したいと思える関数を探し出し、開発中のコードをシェアします。 私達はグループでの参加をお勧めします。システムでは、ソースコードをforkした履歴を自動的に記録しますので、開発に貢献した全ての人が評価されます。

自分のデザインプログラムをつくる方法、自分のデータをつくる方法、自分のプログラムを応募提出・検証する方法、その他プログラミングチャレンジに関してもっと知りたい方は、課題Aのマニュアルページをご覧下さい!

背景:
GenoCon2では、人工プロモータ配列のデザインのためにWebインターフェースを用いたCAD(Computer Aided Design)システムを開発しました。 参加者の方は、配列デザインに必要となる基本的な配列や天然のプロモータ配列から始めて、生物学データベースを参照し、いくつかのデータ操作モジュール関数を操作して、プロモータ配列を改変できます。

GenoCon2では、理研BASEで開発されたデータ登録システムLinkData.orgに、遺伝子発現データとプロモータ配列を組合わせた遺伝子データセットを用意しました。 このシステムでは様々な形式で可読性の高いデータを提供しているため、ユーザはテーブルデータの行や列を操作して、データ同士をハイパーリンクで結んだり、異なるデータを組合せた分析を行うことが容易にできます。 私達は、人工プロモータデザインのための情報資源として、シロイヌナズナの異なるデータベースを組合わせて、4種類のデータセットを作成しました。

LinkDataシステムでは、Wepアプリケーションを高速に展開するプラットフォームも用意しています。これを用いて、GenoCon2ではシンプルなメニュー操作でプロモータデザインを行うインターフェース(PromoterCAD)を構築しました。 私たちは、プログラミングが得意な人に、GenoCon2のシステムに新たなデータ操作機能を付け加える事にチャレンジして頂きたいと考えています。 参加者の方は、 (1) CADアプリケーションのソースコードをコピー・改変して、モジュール関数(プラグイン)を作成し、app.LinkData.orgを通じてCADシステムに付け加えるか、 (2) 様々なデータセットにアクセスして、有用なDNA配列を探し出すための、全く新しいJavaScript関数をつくる事が出来ます。