課題A

課題Aでは、シロイヌナズナの遺伝子発現をコントロールするプロモータ配列を、500塩基以内でデザインして頂きます。この500塩基以内の配列は、一続きの配列で、ゲノコンであらかじめ用意したベクターと測定方法に合うように設計してください。課題の取り組み方としましては、(1) 葉、茎、あるいは植物の損傷部といった特定の組織でのみ遺伝子を発現させるプロモータのデザインや、(2) 植物の老化や慨日リズムの調節に関わる遺伝子発現のタイミングを制御するプロモータのデザイン、またはそれらを組み合わせたものなど、さまざまなアイディアが出てくることを期待しています。

スペシャルプログラミングチャレンジ
(応募期間:10月17日-2月8日 10月17日-1月18日 延長しました)

課題Aでは、人工プロモータ配列のデザインのためにWebインターフェースを用いたCAD(Computer Aided Design)システムを開発しました。 私たちは、プログラミングが得意な人に、CADシステムに新たなデータ操作機能を付け加える事にチャレンジして頂きたいと考えています。 参加者の方には、 (1) CADアプリケーションのソースコードをコピー・改変して、モジュール関数(プラグイン)を作成し、app.LinkData.orgを通じてCADシステムに付け加えたり、 (2) 様々なデータセットにアクセスして、有用なDNA配列を探し出すための、全く新しいJavaScript関数をつくって下さることを期待しています。

課題A スペシャルプログラミングチャレンジについて

プロモータデザインチャレンジ
(応募期間: 11月14日-2月8日 11月12日-1月18日 延長しました)

このチャレンジでは、CADシステムを用いて実際に植物のプロモータをデザインして頂きます。 LinkData.orgでアカウントを作成し、DNA CADシステムへデータを読み込んで、制御配列データベースから機能配列を取り出して、人工プロモータをデザインするまでを行います。 以下のページでは、自分のデータをつくる方法、自分のデザインをつくる方法、レポートを作成する方法、デザインを応募提出する方法、その他プロモータデザインチャレンジについて詳しく説明します。

課題A プロモータデザインのマニュアル


成長したシロイヌナズナの各種組織: Rosette leaves(ロゼット葉), Cauline leaves(茎生葉), Internode stem(茎節間), stem(茎),roots(根), silique fruit(長角果), flowers(花).